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登記義務者の所在がわからない場合はどうするのか？
不動産登記の申請は、原則として共同申請主義をとっています。不利益を受ける登記義務者を申請手続きに関与させる事により、登記の真実性を担保するためです。抵当権の抹消登記においては、抵当権者を登記義務者として、登記申請手続きに関与させています。
昔の抵当権だと、抵当権者が死亡して相続が発生していることも考えられます。この場合は、抵当権者の相続人全員に登記手続きに協力してもらう必要があります。しかし、登記義務者の所在がわからない場合は、どうすれば良いのか？
①非訟事件手続きに基づく除権決定を得て行う。
②完済した書面、証拠を法務局に提出して行う。
③債権額全額の金銭を供託して行う。
④裁判所に訴訟提起して判決を得て行う。

①～④のそれぞれ共に費用と労力がかかります。
ですので、早めに抵当権抹消登記手続きをした方が良いと思います。

住宅などの不動産を購入する際に住宅ローンを借りている方は、金融機関の抵当権が登記されています。その後、無事に住宅ローンの返済が終われば、設定されている抵当権を抹消する登記手続きをする必要があります。しかし、抵当権設定登記の際は、金融機関がすべて段取りしてくれますが、抵当権抹消登記の際は書類が送られてくるだけで、自分自身で登記手続きをする必要があります。
抹消登記申請をする際に少し注意しなければならない点があります。
登記簿には、氏名と住所が記載されており、この情報によって本人の特定をしていますので、住所や氏名が変更されている場合は、先にこの変更登記を申請する必要がありますし、所有者に相続が発生している場合には相続登記が必要となります。
又、金融機関側が合併や分割によって変更している場合もあります。
抹消登記申請をせずにそのまま放置して、金融機関から送られてきた書類を紛失したりすれば、さらに手続きがややこしくなりますので、早めに登記手続きをしましょう。

登記記録は以前紙媒体の帳簿によって管理されていました。現在はコンピューター化されています。しかし、登記記録がコンピューター化されていない物件が一部あり、それを「改製不適合物件」と言います。コンピューター化されていない理由は、同一の不動産について数個の登記がある場合（二重登記）や登記されている持分の合計が１にならない場合などいくつかの理由によるそうです。今は登記記録がコンピューター化されていますので、全国どこの物件でもパソコンから登記情報を閲覧したり、登記簿謄本を取得したりすることができますが、この改製不適合物件はコンピューター化されていませんので、登記情報は閲覧できませんし、管轄の法務局でしか登記簿謄本は取得できません。又、改製不適合物件はオンライン申請ができませんので、書面申請となります。そのため、登記識別情報は交付されず、昔の「登記済証権利証」が交付されることとなります。
私も普段は、コンピューターで登記記録が閲覧できない場合は、番地が間違えているのでは？登記されていないのでは？とかを考えて、あまり改製不適合物件のことは考えませんでした。ところが、先日電話でお問合せを頂いた物件が改製不適合物件だったため、だいぶ悩みました。色々な所に確認してやっと判明しました。
なので、自戒の念を込めて。